本发明公开了一种基于微藻养殖的沼液生态净化方法，包括如下步骤：（1）沼液预处理；（2）自养型微藻的驯化培养，获得能够在70%-100%沼液中快速生长的藻株；（3）种子液的制备；（3）微藻生长耦合沼液净化方法：经驯化后的藻种经扩培后接种到开放式光生物反应器中培养，采用半连续培养方法和补料流加培养等优化的方法手段，获得高密度生长的小球藻生物量，同时净化沼液；（4）微藻细胞的生化破壁：将微藻细胞引入生化破壁池，投放淡水鱼，获得破壁的藻浆；（5）采收微藻细胞并回收利用沼液。所述方法不仅为沼液净化提供了方法，且收获的藻细胞和沼液可以回收利用，实现了沼液的生态化处理，在改善环境的同时产生经济和社会效益。