本发明公开了一种云纹石斑鱼微卫星标记Epinmoss的检测引物和方法。首先提取云纹石斑鱼血液中的基因组DNA并稀释备用；再利用云纹石斑鱼DNA序列中含有的微卫星核心序列设计特异性引物；然后使用该引物对云纹石斑鱼不同地理群或云纹石斑鱼群内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行检测；利用产物出现的条带进行分析，确定每个个体的基因型，并获得云纹石斑鱼的遗传多态性图谱。本发明可快捷的获得云纹石斑鱼遗传标记Epinmoss的遗传变异图谱，方法简便，所得结果可直观地检测出云纹石斑鱼每个个体的基因型；应用于不同地理群或云纹石斑鱼群内个体间遗传标记、系谱认证和遗传图谱的构建等。