本发明属于海水及苦咸水淡化、微生物电化学、微生物脱盐燃料电池领域，涉及一种筒状生物阴极微生物脱盐燃料电池脱盐装置和方法。所述装置由电阻、外电路、阳极液出水口、阴极及阴极生物膜、阴极液、阳离子交换膜、脱盐室、阴极液进水口、阴极液出水口、阴极室顶盖、阴离子交换膜、阳极及阳极生物膜、阳极液、筒状反应器外壳、阳极液进水口、曝气头、支架组成。所述方法步骤如下：（1）阳极微生物的厌氧驯化；（2）MDC反应器的启动；（3）MDC的脱盐运行；（4）连续流运行情况。本发明优点是：适宜在实际中应用；最大功率密度可达到6.21  W/m<Sup>3</Sup>；续批式运行时，脱盐速率为95.5  mg/h；结构简单，操作方便，成本较低，速率较高。