本发明提出一种基于Agent的轨道机器人自组织控制系统，轨道上设有多个已编号的固定站点及多个行走机器人；固定站点上的固定Agent设有：进行通信的第一通信模块、根据任务状态进行实时调整的第一任务维护模块、针对任务信息进行实时更新的任务发布模块和自动产生定位信息的定位应答模块；行走机器人上的移动Agent设有：进行通信的第二通信模块、根据通信协议解析后形成的任务感应模块、将感应信息进行分析的任务分析模块、对已分析任务在本地更新的第二任务维护模块和针对已决策任务的任务执行模块。本发明实现了高效、灵活的多机器人动态控制，降低了多机器人系统控制的复杂性，提高了系统控制的灵活性、可伸缩性和自组织能力。