本发明属于耐腐蚀涂料领域，涉及一种水性聚氨酯增韧水性环氧树脂防腐涂料及其制备方法，所述涂料可广泛应用于钢结构的防腐涂装。在50‑90℃采用多异氰酸酯、低聚物多元醇、含乙氧基的亲水单体、小分子扩链剂以及溶剂合成端异氰酸根的聚氨酯预聚体，加水乳化并在乳化后加入胺类扩链剂20‑40℃继续反应1小时后，抽真空除去溶剂合成含有活泼氢、平均粒径在40‑200nm的水性聚氨酯。所述水性环氧树脂体系相比于现有的水性环氧树脂，在乳液中加入了高弹性的水性聚氨酯乳液颗粒，在不降低水性环氧树脂弹性模量的情况下显著提高其韧性，聚氨酯乳液颗粒在水性环氧树脂中的分散效果较好，抗冲击性能、柔韧性和耐酸、耐碱抗腐蚀性能及光泽度均有明显提高。