本发明公开了一种交联型聚醚醚酮中空纤维复合纳滤膜及其制备方法。包括以下步骤：A.以熔融纺丝法PEEK中空纤维多孔膜为基膜，表面进行活化处理；B.将含胺单体、添加剂溶解于水中得到水相溶液；多元酰氯类单体溶解于有机溶剂中得到有机相溶液；C.基膜浸泡水相2~10min，除去膜表面多余溶液，浸泡有机相0.5~8min，进行界面聚合反应，热处理2~15min后得到所述复合纳滤膜。本发明以PEEK中空纤维膜为基膜，通过PEEK表面处理提供反应位点，构建支撑层和分离层之间的化学键连接，解决传统纳滤膜基膜耐溶剂性能差，复合膜界面结合牢度不足，在恶劣环境中运行时分离层易脱落的问题，有效延长膜使用寿命。