本发明涉及数据采集技术领域，具体为一种基于无人机的物联网稀疏数据采集方法与系统，包括稀疏数据采集；将无线传感网中所有传感器节点划分为若干个簇；建立簇头与簇成员节点的通信，簇头对簇成员节点采集的感知数据进行接收；将接收的传感器节点的感知数据进行稀疏变换得到稀疏数据；稀疏数据编码传输；通过无人机与簇头建立通信，对簇头的稀疏数据进行采集；将采集的稀疏数据进行编码得到编码数据，并传输至云端；编码数据重建；云端获取无人机传输的编码数据，进行解码重建，得到重建后的原始感知数据。提出了簇‑无人机‑云端的协同数据采集框架，稀疏地收集原始感知数据，通过云端重建原始感知数据，解决无线传感网数据冗余问题。