本发明涉及海洋环境监测技术领域，尤其是涉及一种面向海洋生态的时空图神经网络异常检测方法及系统。方法，包括获取海洋监测数据；对获取的海洋监测数据进行数据预处理；基于预处理的海洋监测数据进行时空图结构构建；利用异常检测模型对构建时空图结构进行时空特征提取；对提取的时空特征进行特征融合；基于多尺度异常评分机制进行海洋生态系统局部异常和全局异常评分。本发明设计了统一的数据处理框架,能够同时处理卫星遥感数据、水质监测数据、生物调查数据等多源异构数据,充分利用各类数据所包含的信息,提高异常检测的全面性和准确性。通过时空图结构的构建,有效捕捉不同数据源之间的关联关系,为异常检测提供更全面的特征表达。