本发明公开了一种与小麦抗白粉病基因<I>PmJ684</I>紧密连锁的分子标记及其应用，本发明涉及生物基因工程技术领域。该分子标记为YTULL‑40；该标记的上游引物核苷酸序列如SEQ  ID  NO:1所示；下游引物核苷酸序列如SEQ  ID  NO:2所示；利用该分子标记对待测小麦基因组DNA进行PCR扩增，获得对应的扩增产物分子量为172  bp。本发明提供的与小麦抗白粉病基因<I>PmJ684</I>紧密连锁的分子标记YTULL‑40，可以精确检测<I>PmJ684</I>遗传作图群体，有利于<I>PmJ684</I>的精细定位与克隆。此外，利用该标记进行辅助育种，可以精确选取带有抗白粉病基因<I>PmJ684</I>的种质材料，缩短育种周期，为小麦育种提供便利。