本实用新型提供一种中小型生物工程菌种发酵罐，涉及生物工程技术领域，包括发酵罐，所述发酵罐的内顶壁固定连接有驱动箱和内侧壁固定连接有连接箱，驱动箱的内顶壁转动连接有主转杆，主转杆的外表面固定连接有主锥齿轮，驱动箱的内侧壁转动连接有从转杆，从转杆的一端固定连接有从锥齿轮。该中小型生物工程菌种发酵罐，通过将菌种和培养液倒入到发酵罐的内部进行搅拌混合，加快了菌种的培养速度，在搅拌过程通过设置的主锥齿轮和从锥齿轮的作用下驱动从转杆进行水平方向旋转，通过设置的凸轮、活动板、升降杆和弹簧的作用下，使的打泡网进行上下的往复运动，通过打泡网可以快速地消除泡沫，提高装置的工作效率。