本实用新型公开了一种模块化潜流反硝化水源生态湿地系统，包括布水渠和集水渠，所述布水渠和集水渠之间通过基底连接，所述基底上表面的安装有防渗层，所述防渗层顶端固定安装有网状框体；所述网状框体内部通过若干组高隔板和低隔板分隔成不同单元，其所述单元包括第一填料单元、第二填料单元、碳源填充单元、第三填料单元、活动炭单元和第四填料单元。本实用新型中模块化填充单元可以在碳源失效以及填料堵塞时及时进行补充更换，能够有效保障湿地长期运行，并且湿地单元之间可以根据湿地区域的整体设计及出水水质要求灵活布置，采用湿地壁板形成湿地池体的池壁，能够加快模块化湿地组装的时间，降低工程建设成本。