本发明涉及海洋环境预测技术领域，尤其是涉及一种基于数字孪生的海洋环境多模态融合预测方法及系统。方法，包括基于动态多模态图神经网络捕捉海洋环境的多模态数据的时空关联特征；利用多尺度门控单元对时空关联特征进行多尺度特征融合，得到综合特征表示；利用混合时序预测框架对综合特征表示进行预测，得到初步海洋环境预测数据，其中包括短期动态建模和长期趋势建模；利用生成对抗网络对初步海洋环境预测数据进行噪声拟合，生成最终海洋环境预测数据。本发明通过动态多模态数据融合、混合时序预测框架和多尺度门控Tanh单元的创新组合，有效解决了传统海洋环境监测和预测技术中存在的数据融合不足、预测精度有限和动态响应能力较差的问题。