本发明公开了一种针对IOTA网络中寄生链的检测方法及系统，属于物联网去中心化安全技术领域，方法包括：随机生成第一IOTA网络结构，并将其进行编码，得到各个节点的第一节点标签、第一邻接矩阵和第一节点特征矩阵；对原始GCN模型进行改进优化，并利用第一节点标签、第一邻接矩阵和第一节点特征矩阵对改进后GCN模型进行训练，得到初始检测模型；随机生成第二IOTA网络结构，并提取其中的第二节点标签、第二邻接矩阵和第二节点特征矩阵；将第二邻接矩阵和第二节点特征矩阵输入至初始检测模型中得到标签预测结果，然后将标签预测结果与第二节点标签进行对比评估，得到寄生链检测模型；利用寄生链检测模型进行检测。