本发明公开了一种基于贝叶斯深度反演网络的鱿鱼资源动态估算方法，包括如下步骤：S1.形成预处理多源数据集；S2.构建贝叶斯深度反演网络模型；S3.利用预处理多源数据集对贝叶斯深度反演网络模型进行训练，形成训练后模型参数集合；S4.得到鱿鱼资源动态估算结果及其不确定性量化指标；S5.对鱿鱼资源动态估算结果及不确定性量化指标进行后处理，形成具有时空分布特征的鱿鱼资源动态估算报告；S6.将鱿鱼资源动态估算报告与渔业管理系统进行接口对接，进行鱿鱼资源动态监控与实时决策。本发明显著降低了低置信预测区域的错误预报率，并提升了高置信区域的预测稳定性，为渔政船只调度与捕捞路径规划提供了更具可靠性的支撑数据。